NTSYSpc
Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System
数量分類・多変量解析システム Version 2.2 for Windows 98/NT/2000/XP/Vista
開発元： Exeter Software
NTSYSpc は、多変量データからその傾向や構造を発見するツールです。例えば、サンプルのデータポイントが２つ以上の母集団からなる集合であることを見出したいという場合や、系統樹の推定に近隣結合法（neighbor-joining method）や UPGMA 法を使ってデンドログラムを作成するような場合に使用します。ある変数の下位クラス間に存在する変異が強い相関関係にあることを発見する場合にも利用できます。プログラムの起源は 1960 年代に開発された NTSYS にまでさかのぼりますが、現在に至るまでに PC 用ソフトウェアとして完全に再設計され、大幅な拡張がなされています。
入力データは、調査オブジェクトの集合、直接計測された類似性、全オブジェクト間の相違性に関する記述的情報となります。使用される記述子やオブジェクト類は、適用する形態的特性、種数の豊富さ、特性の有無などに依存します。NTSYSpc では、データの変換、オブジェクト間の類似/相違性の推定、クラスタ、序列化、多因子分析を使用した関係性のサマリーを作成することが可能です。ほとんどの結果は、数値的/グラフィックの両方で表示できます。ソフトウェアは、教育用・研究現場のいずれでも使えるよう設計されています。
Version 2.2 for Windows は、前バージョンまでのスピードと機能はそのままに、操作性が一層向上しています。使用に際しては、入力フォームの空欄を埋めるだけのインタラクティブ・モードと、シンプルなコマンド言語を使用するバッチ・モードの２つのモードがあります。バッチモードは、シミュレーション分析や複数データセットを使用する分析で役立ちます。プログラムは、Windows の動作環境を継承し、ロングファイルネームの取り扱いや、大規模データセットの処理が可能です。プロットのカスタマイズには、プロットオプションウィンドウを使います（タイトルの設定、フォント、サイズ、カラー、スケール、ライン幅、背景色、マージン、その他多数のプロット要素のカスタマイズが可能です）。印刷プレビューモードも備わっています。取り扱うデータファイルは、他のプログラムでも使用可能な ASCII ファイルです。長い入力行にも対応しています。スプレッドシート風のデータエディタを備えており、データファイルの生成や編集も簡単に行うことができます。これは非常に大きなファイルを編集するテキストエディタとしても利用することが可能です。外部からのファイルの読み込みは、Excel のXLS 形式からの行列の読み込みと、nexus 形式の一部からのツリー読み込みに対応しています。ドキュメントには、Getting Started Guide と 技術的内容に関するヘルプファイル（いずれも英語）が含まれます。さらに詳しい情報はこちらをご覧ください。
NTSYSpc の主な機能：
- 類似性と非類似性：
- 相関、距離、34 属性相関係数、および、11 遺伝距離係数
- クラスタリング：
- UPGMA 法およびその他の階層的構造をもつ SAHN 法 (条件可)。 近隣結合法。数種の合意樹。
- グラフ理論的手法：
- 最小距離全域木、近隣結合法によるグラフ（無根系統樹）。
- 序列化：
- 主成分＆主座標分析、対応分析、計量＆非計量多次元尺度構成分析、特異値分解、軸への投影およびバーナビー法。正準変量分析。多因子分析、通常の主成分分析、部分最小二乗、重相関、および、正準相関のためのプログラムも装備。
- インタラクティブなグラフィック：
- 表形図（phenograms）、系統発生樹、2D 散布図、類似性/非類似性の比較行列、アウトラインのフーリエ・プロット、プロクラステス・プロット、および、3D 透視図プロット。
- 多変量検定：
- 正準変量分析、共分散行列の同一性のための検定、多次元のための検定、一般化された多変量重回帰分析。ブートストラップ、ジャックナイフ、およびシミュレーション実験用の機能も装備。
- 幾何学的形態測定学：
- 点配置を重ね合わせるプロクラステス分析のための専用モジュール。プロクラステス分析結果のプロット、アウトライン形状のフーリエ解析（2D および 3D 楕円）、アウトラインのプロットとフーリエ係数、および、2D および 3D 部分ワープ点の計算と均一変形の推定。
- その他：
- Cophenetic 相関による行列の比較、Mantel 検定、3-way Mantel 検定、データの標準化、行列変換（単純関数、除去、行列置換）。行列は分割または結合が可能。
NTSYSpc 2.2 のスクリーンショット
- メインウィンドウ
メインウィンドウには計算モジュールがタブでグループ分けされています。タブを選択すると関連するモジュールがあらわれ、ボタンをクリックすることでモジュールを実行できます。
- パラメータ入力ウィンドウ
各モジュールのパラメータは、パラメータ入力ウィンドウに表示されます。
- リストウィンドウ
サマリー情報はリストウィンドウに記載されます。リストウィンドウを通じて情報のレビュー、印刷、編集およびファイル保存ができます。以下は、幾つかのモジュールを実行した例です。
- プロットのカスタマイズ例
プロットオプションによって、プロットの様々な属性をカスタマイズできます。以下は、プロットのカスタマイズ例です。これは、ある変数に対する別の変数をあらわしたプロットです。2D および 3D 散布図も作成できます。例えば、最初の数個の主成分からなる PCA 軸 への点の投影図などを作成できます。（※軸は同一の尺度因子にすることが可能です）
- 樹状図
樹状図は、UPGMA、近隣結合等のクラスタ分析の結果をあらわします。
- 3D プロット
3D プロットは PCA、MDSCALE 等の序列化分析の結果を表します。
- データエディタ
NTSYSpc の新しいデータエディタ。特定形式のファイル生成が容易になります。
製品の詳細は以下をご覧ください。
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